Сборка и аннотирование хлоропластного генома лиственницы сибирской




Дата канвертавання22.04.2016
Памер15.02 Kb.
УДК 577.2
СБОРКА И АННОТИРОВАНИЕ ХЛОРОПЛАСТНОГО ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ
Е. И. Бондар

Сибирский федеральный университет, г. Красноярск


Цитоплазматические геномы видов семейства сосновых обладают уникальной системой наследования – митохондриальная ДНК (мтДНК) наследуется строго по материнской линии и распространяется через семена, а хлоропластная ДНК (хпДНК) – по отцовской линии и распространяется через пыльцу. На данный момент именно последовательности хпДНК для разных видов хвойных (и растений в целом) являются самым важным источником генетических маркёров для изучения миграции отцовских генов и одним из самых популярных объектов для проведения филогенетических исследований. На сегодняшний день в базе данных NCBI Genbank опубликовано более 100 последовательностей геномов хлоропластов для семейства сосновых. Однако большинство из них относятся к роду Pinus. Для рода Larix хлоропластные геномы известны только для европейской и западной лиственниц.

Целью нашего исследования была сборка и аннотирование хлоропластного генома лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.).

Для сборки хлоропластного генома использовались данные полногеномного секвенирования L. sibirica, полученные в Лаборатории лесной геномики СФУ под руководством проф. К. В. Крутовского. Сборка производилась с использованием программ картирования Bowtie2 и геномного ассемблера SPAdes. Аннотирование генома проводилось при помощи сервиса Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST).

Длина хлоропластного генома L. sibirica составила 122561 bp и близка к 122474 bp у близкородственной Larix decidua Mill.. В результате аннотирования при помощи сервиса RAST и дальнейшего сравнения полученных данных с аннотацией хлоропластных геномов близкородственных видов L. decidua и L. occidentalis, был выявлен 121 кодирующий участок, из которых 34 соответствуют генам тРНК и 87 CDS.



Работа выполнена в рамках проекта «Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации», финансируемого Правительством РФ (договор № 14.Y26.31.0004).
Научные руководители – канд. биол. наук Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева.


База данных защищена авторским правом ©shkola.of.by 2016
звярнуцца да адміністрацыі

    Галоўная старонка