Теоретическое предсказание антигенных эпитопов белков вируса тяжелого острого респираторного синдрома (sars-coV) и оценка их теоретической значимости




Дата канвертавання18.04.2016
Памер73.01 Kb.
Т.И. УЛАНОВА, В.Ф. ПУЗЫРЕВ, С.А. РЯБИНИНА, А.Н. БУРКОВ, А.П. ОБРЯДИНА
ООО «Научно-производственное объединение «Диагностические Системы»,

Нижний Новгород
ТЕОРЕТИЧЕСКОЕ ПРЕДСКАЗАНИЕ АНТИГЕННЫХ ЭПИТОПОВ БЕЛКОВ ВИРУСА ТЯЖЕЛОГО ОСТРОГО РЕСПИРАТОРНОГО СИНДРОМА (SARS-CoV)

И ОЦЕНКА ИХ ТЕОРЕТИЧЕСКОЙ ЗНАЧИМОСТИ
На основании анализа последовательности ряда белков вируса, вызывающего тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС), были теоретически предсказаны антигенно-значимые эпитопы. Девять нуклеиновых последовательностей, кодирующих предсказанные эпитопы спайк, нуклеокапсидного и мембранного белков ТОРС вируса были синтезированы при помощи ПЦР и клонированы в вектор pGEX4-T2. Полученные плазмиды были экспрессированы в клетках E.coli, рекомбинантные антигены были очищены аффинно на глутатион-сефарозе.

Ключевые слова: вирус ТОРС, антигенные эпитопы, рекомбинантные белки

Analysis of the sequence of a number of proteins of the virus causing severe acute respiratory syndrome (SARS-CoV) was used to theoretically predict antigenic epitopes. Nine sequences, encoding for the predicted epitopes in spike, nucleocapside, and membranous SARS-CoV proteins, were synthesized by polymyrasechain reaction and cloned into the pGEX 4-T2 vector. The resultant plasmids were expressed in the E.coli celland purified by glutathione-Sepharose affinity chromatography.

Key words: SARS virus, antigenic epitopes, recombinant proteins


Вирус тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС) или Severe Acute Respiratory Syndrome Virus (SARS-CoV) впервые был изолирован у жителей китайской провинции Гуандун в ноябре 2002 года и описан доктором К. Урбани в Гонконге [10,12,18]. К настоящему времени больные «атипичной пневмонией» зарегистрированы в 32 странах мира, при этом общее число заболевших достигло 8098 человек, 774 из них умерли [3, 10].

К настоящему времени ученым удалось не только систематизировать возбудителя, но и полностью расшифровать его геном. Данный вирус относится к семейству Coronaviridae [16,18]. Вирус ТОРС является оболочечным вирусом и имеет липопротеидную оболочку клеточного происхождения [1,4]. Геном вируса представлен одноцепочечной +РНК-нитью, содержащей 29727 нуклеотидов, имеет по крайней мере 14 рамок считывания [9,16]. Рибонуклеотидная последовательность вируса ТОРС на 50-60% отличается от таковой других представителей семейства Coronaviridae, но, несомненно, является типичной вариацией среди существующих групп коронавирусов, изученных ранее и вызывающих различные респираторные и диарейные заболевания животных и человека [1,5,9]. На 5′-конце располагаются гены, кодирующие ферменты вируса (репликазы), далее следуют гены, ответственные за синтез структурных белков, среди которых спайк (S), оболочечный (E), мембранный (М) и нуклеокапсидный (N) [14,15]. N-белок имеет уникальную для ТОРС-вируса последовательность (KTFPPTEPKKDKKKKTDEAQ). Функция этого насыщенного лизином региона пока не выяснена. Имеются данные, что N-протеин играет важную роль в патогенезе заболевания [5,6,11]. Известно, что уровень экспрессии этого белка в инфицированных клетках очень высок и для него специфичны большинство антител, образующихся в организме во время инфекции. В процессе сборки вириона N-белок образует комплекс с РНК вируса. М-белок отвечает за соединение вирусных частиц с эндоплазматическим ретикулумом (ЭР), проникновение вирусных частиц внутрь ЭР и миграцию их в пузырьки Гольджи [5]. Поверхностный S-протеин играет центральную роль в возникновении и распространении инфекции - обуславливает соединение вириона со специфическими рецепторами клеток хозяина и проникновение вируса через мембрану (рецепторный эндоцитоз), является главной антигенной детерминантой и вызывает нейтрализацию антител [7,8,12,13,17].



Сложная ситуация, обусловленная недавним появлением и быстрым распространением по всему миру вируса ТОРС, побудила исследователей разных стран направить свои усилия на разработку быстрых и точных лабораторных методов диагностики этого возбудителя. Одним из доступных и простых методов диагностики является иммуноферментный анализ. Разработанные к настоящему моменту на основе иммуноферментного анализа диагностические тесты, сконструированы с использованием лизатов нативных SARS-CoV вирусов. Тесты с использованием рекомбинантных белков SARS-CoV вируса в настоящее время не описаны. В связи с этим целью данной работы явились идентификация потенциальных диагностически значимых антигенных эпитопов белков данного вируса и конструирование синтетических генов, позволяющих синтезировать рекомбинантные белки, содержащего антигенные детерминанты белков вируса SARS.

Материалы и методы.


Анализ последовательностей. Анализ аминокислотных последовательностей проводили с использованием программы DNASTAR Lasergene (версия Windows; DNASTAR Inc., Mэдисон, США).

Синтез и экспрессия генов, очистка рекомбинантных белков. Аминокислотные последовательности N-, M- и S-белков вируса ТОРС, полученные из GenBank, использовали для дизайна нуклеотидных последовательностей и синтетических олигонуклеотидов. Рекомбинантные гены собирали с помощью ПЦР из синтетических олигонуклеотидов (см. таблицу), затем клонировали в вектор pGEX4T-2 (“Pharmacia”, СШA) и экспрессировали в клетках E.coli в виде гибридных белков с глутатион-S-трансферазой. Трансформацию клеток E.coli штаммов BL21 и Jm109 и экспрессию генов проводили согласно методике, описанной раннее [2]. Рекомбинантные антигены очищали с помощью аффинной хроматографии на глутатион-сефарозе 4В (“Pharmacia”, СШA) [4]. Наличие белка во фракциях выявляли с помощью электрофореза в полиакриламидном геле, содержащем додецилсульфат натрия. Концентрацию белка определяли спектрофотометрически с применением метода Бредфордта [4].

Результаты и их обсуждение. На первом этапе путем сравнения аминокислотных последовательностей различных коронавирусов, были выбраны уникальные для вируса ТОРС последовательности. Далее на основе анализа индекса антигенности, гидрофильности, наличия β-структур, вероятности их нахождения на поверхности вируса и подвижности были предсказаны и выбраны для синтеза рекомбинантных белков последовательности, содержащие потенциальные эпитопы белков вируса ТОРС. Поиск антигенных детерминант проводили на основе данных анализа опубликованной аминокислотной последовательности коронавируса ТОРС штамма Urbani (регистрационный номер AY 278741).


Одним из приемлемых антигенов для определения вирусспецифичных антител является N-белок. В N-белке (N) SARS-СoV-вируса мы идентифицировали 2 потенциальных антигенных эпитопа, расположенных в пределах 1-49 и 339-390 аминокислоты. Последний участок содержит уникальный для SARS-СoV-вируса регион (KTFPPTEPKKDKKKKTDEAQ). При анализе аминокислотной последовательности S-белка SARS-СoV-вируса были идентифицированы потенциальные антигенные эпитопы в пределах 12-53-й, 90-115-й, 171-203-й, 1051-1076-й, 1121-1154-й и 1162-1190-й аминокислоты. Для мембранного белка SARS-СoV- вируса идентифицирована одна потенциальная антигенная детерминанта в пределах 182-216-й аминокислоты, на ее основе сконструирован рекомбинантный белок SARS M (см. таблицу). Мы решили объединить выбранные амнокислотные последовательности S-белка вируса ТОРС в 2мозаичных последовательности. Одна последовательность, SARS S(N), содержала 3 N-концевых детерминанты, а другая, SARS S(C) – 3

С-концевых эпитопа. Выбранные аминокислотные последовательности ретранслировали в нуклеиновые последовательности с использованием кодонов оптимальных для синтеза белков в клетках E. coli. Полученные последовательности в свою очередь использовали для дизайна синтетических олигонуклеотидов. С помощью ПЦР из синтетических олигонуклеотидов были собраны 5 генов, кодирующих выбранные аминокислотные последовательности. В таблице приведены последовательности использованных пар праймеров.

При культивировании штаммов-продуцентов рекомбинантных белков было отмечено, что для большинства из них оптимальной температурой является 37˚С. Однако при получении SARS S(N)-антигена из биомассы, культивированной при 37˚С, наблюдались очень низкая его растворимость и как следствие низкий выход после хроматографии на аффинном носителе. С целью повышения растворимости белка температура культивирования после индукции была снижена до 25˚С. SARS-CoV- белки подвергали аффинной очистке. Первоначально для всех белков использовали методику, рекомендуемую фирмой-изготовителем (“Amersham Biosciences”,США). Все белки были хорошо растворимы и получены с высокой степенью чистоты, за исключением SARS S(N)-антигена. Данный белок экстрагировали и наносили на колонку в трис-HCl 50 mM, pH 8,0 в присутствии 0,8% саркозила. Элюирующий буфер так же содержал саркозил в той же концентрации. Молекулярная масса полученных рекомбинантных белков соответствовала теоретически предсказанной (см. рисунок). В настоящий момент осуществляется оценка диагностической значимости полученных антигенов. Успешная замена патогенных вирусных белков синтетическими аналогами позволит создать систему для диагностики этого тяжелого заболевания.

ЛИТЕРАТУРА

1. Биология вирусов животных./ Феннер Ф., Мак-Ослен Б., Мимс С.и др.- М., 1977.- Т.1.

2. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Методы молекулярного клонирования: Пер. с англ.-М., 1984

3. Нетесов С.В., Блинов С.В., Иванькина Т.Ю. и др. Тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС), вызываемый коронавирусом// www.vector.nsc.ru/act2-r.htm.

4. Скоупс Р. Методы очистки белков. М., 1985.

5. Guan Y., Zhen B.J., He Y.Q. et al. Isolation and characterization of viruses related to the SARS coronavirus from animals in southern China//Science.-2003.-Vol.302.-P. 276-278.

6. Ho Y., Lin P. H., Liu C. Y. et al. Assembly of human severe acute respiratory syndrome coronavirus-like particles// Biochem. Biophys. Res. Commun.-2004.-Vol.318, N4.-P. 833-838.

7. Ho T. Y., Wu S. L., Cheng S. E. et al. Antigenicity and receptor-binding ability of recombinant SARS coronavirus spike protein// Biochem. Biophys. Res. Commun.-2004.-Vol.313, N4.-P.938-947.

8. Lu L., Manopo I., Leung B .P. et al. Immunological haracterization of the spike protein of the severe acute respiratory syndrome coronavirus// J. Clin. Microbiol.-2004.-Vol.42, N4.-P.1570-1576.

9. Marra M.A, Jones S.J.M., Astell C.R. et al. The genome sequense of the SARS-associated coronavirus// Science.-2003.-Vol.300.

10. Poutanen S.M., McGeer A.J. Transmission and control of SARS// Curr. Infect. Dis. Rep.-2004.-Vol.6.-

N 3.-P.220-227.

11. Surjit M., Liu B., Kumar P. et al. The nucleocapside protein of the SARS coronavirus is a capable of self-associstion through a C-terminal 209 amino acid interaction domain// Biochem. Biophys. Res. Commun.-2004.-Vol.317, N4.-P.1030-1036.

12. Synthetic Peptide Studies on the Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus Spike Glycoprotein: Perspective for SARS Vaccine Development // Clin. Chem.-2004.-Vol.50.-P.1036 – 1042

13. Tan Y. J., Goh P. Y., Fielding B. C. et al. Profiles of antibody responses against severe acute respiratory syndrome coronavirus recombinant proteins and their potential use as diagnostic markers// Clin. Diagn. Lab. Immunol.-2004.-Vol.11, N2.-P. 362-371.

14. Tan X., Li S., Wang C. et al. Severe acute respiratory syndrome epidemic and change of peoples health behavior in China// Health Educ. Res.-2004.-Vol.1.-P.741-750.

15. Tripet B, Howard M. W., Jobling M. et al. Structural characterization of the SARS-coronavirus spike S fusion protein core// J. Biol. Chem.-2004.-Vol.279, N20.-P.20836-20849.

16. Vijayanand P., Wilkins E., Woodhead M. Severe acute respiratory syndrome (SARS): a review// Clin Med.-2004.-Vol.4, N2.-P.152-160.

17. Wong S. K., Li W., Moore M. J. et al. A 193-amino acid fragment of the SARS coronavirus S protein efficiently binds angiotensin-converting enzyme// Biol. Chem.-2004.-Vol.279, N5.-P.3197-3201.

18. Yang Z. Y., Huang Y., Ganesh L. et al. pH-dependent entry of severe acute respiratory syndrome coronavirus is mediated by the spike glycoprotein and enhanced by dendritic cells transfer through DC-SIGN// J.Virol.-2004.-Vol.78, N11.-P.5642-5650.


Антиген

Область

клонирования, аминокислоты



Праймеры

SARS S(N)

12-53, 90-115, 171-203

F: 5′-GGGGGATCCCCGTACAACTACAAA-3′,

R: 5′-GGGCTCGAGTCAGATGTCCAGGATTTCAGA-3′




SARS S(С)

1051-1076,

1121-1154,

1162-1190


F: 5′-GGGGGATCCCCGTCTCAGGAACGTAAC-3′

R: 5′-GGGCTCGAGTCACTGTTCGTATTTACCCA-3′




SARS N(1-49)

1-49

F: 5′-GGGGGATCCATGTCTGACAACGGTCCGCA-3′,

R: 5′-GGGCTCGAGTCAGTTGTTCGGCAGACC-3′




SARS N(340-390)

339-390

F: 5′-GGGGGATCCAAACTGGACGACAAAGAC-3′

R: 5′-GGGCTCGAGTCACTGCTTTTTCTGAC-3′




SARS M

182-216

F: 5′-GGGGGATCCGCTTCTCAGCGTGTTGGTACC-3′

R: 5′-GGGCTCGAGTCACTGAACCAGCAGAGCGA-3′



Таблица

Последовательности праймеров, использованные для сборки синтетических генов

Рис. Электрофореграмма фракций рекомбинантных антигенов.



  1. SARS S (N); 2-SARS S(C); 3- SARS M; 4-SARS N(1-49); 5-SARS N(340-390);

  2. 5-контроль молекулярного веса (“Sigma”,США).


Опубликовано: Ж. «Вопросы вирусологии» -2005.-№5-С.22-24


База данных защищена авторским правом ©shkola.of.by 2016
звярнуцца да адміністрацыі

    Галоўная старонка