Actions multi-partenariales pour la création d’un batrachoduc à Reugny (37)




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Résumés des interventions
Samedi 28 avril 2012

Couffy (Loir-et-Cher)


Photo Philippe Henry




Actions multi-partenariales pour

la création d’un batrachoduc à Reugny (37)

Manuella Vérité

Animatrice nature au Conservatoire d’espaces naturels de la région Centre (Cen Centre)

manuella.verite@cen-centre.org
Suite à des signalements de migrations nuptiales de Crapauds communs sur la RD 46 en Indre-et-Loire par des automobilistes, le premier comptage nocturne effectué par le Cen Centre en 2002 avait permis de recenser plus de 200 crapauds écrasés en 3 h, ce qui suggérait une population localement très importante.

Afin de sensibiliser les pouvoirs publics mais aussi les usagers de la route et les locaux à cette hécatombe annuelle, le Cen Centre, les clubs CPN ainsi que de nombreux partenaires se sont mobilisés dans le cadre de l’opération nationale Fréquence grenouille 2003, pour réaliser un projet pédagogique avec l’école de la commune et un sauvetage nocturne (85 bénévoles pour 263 crapauds sauvés en 1h30).

La même année, la SEPANT décide de proposer au Conseil général d’Indre-et-Loire la réalisation d’une étude quantitative et qualitative sur la population d’amphibiens présente sur le site ainsi que sur la possibilité de créer un batrachoduc. En parallèle, un dossier préalable à la déclaration d’utilité publique pour la mise en place de la déviation du bourg de Reugny fut à l’étude, permettant d’envisager la mise en place de batrachoducs en mesure compensatoire.

Les choses n’ayant pas évolué en 2008 et d’importants écrasements ayant encore lieu, le Cen Centre avec l’ASPAS et la SEPANT décidèrent de relancer le dossier en proposant une sortie sur le terrain aux services environnement et infrastructures du CG37. En 2010 l’appel d’offre pour l’étude d’opportunité de mise en place d’un batrachoduc sur la RD46 fut lancé et l’étude réalisée par le CDPNE, de janvier à avril 2011. Suite à la mise en place de barrières (1047 Crapauds communs sauvés sur toute la saison de la migration) et à l’étude des voies migratoires, deux batrachoducs furent installés, l’un sous forme d’un passage busé et le second en caniveau grillagé qui permet le passage de la lumière. Ces dispositifs mis en place durant l’hiver pour qu’ils soient opérationnels lors de la migration printanière de 2012 semblent fonctionner. Le suivi sera assuré par les agents du CG37, cette année. Une étude complémentaire plus poussée pourrait être lancée en 2013.



Les Crapauds communs de Reugny, espèces protégées et bio-indicatrices de la santé de notre environnement, sont-ils vraiment sauvés ? Et pour combien de temps ?

Les amphibiens dans les études Trame Verte et Bleue :

exemple de Pays Vendômois


Prise en compte des amphibiens dans les études Trame Verte et Bleue

Benjamin Norrito

Comité Départemental de la Protection de la Nature et de l'Environnement de Loir-et-Cher (CDPNE)

b.norrito.cdpne@orange.fr
Nous vivons actuellement une nouvelle phase d'extinction massive des espèces au niveau mondial. En France, selon l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), un dixième des espèces de mammifères est menacé d'extinction. Pour les amphibiens, le constat est encore plus alarmant car une espèce sur cinq risquent de disparaître de France métropolitaine. Les facteurs conduisant à leur disparition sont multiples : pollution des eaux, introduction d'espèces exotiques envahissantes, présence de maladie et d'une manière plus généralisée, la fragmentation des habitats par la création d'infrastructures de transport et par un étalement urbain croissant.
En 2009, la Trame verte et bleue s'inscrit comme une mesure phare du Grenelle de l'environnement et porte l'ambition d'enrayer le déclin de la biodiversité. Cet outil d'aménagement du territoire vise en effet à reconstituer un réseau d'échanges cohérent à l'échelle du territoire national pour que les espèces animales et végétales, puissent, à l'instar de l'homme, circuler et interagir pour assurer leur survie.
La plupart des études Trame verte et bleue effectuées actuellement à l'échelle régionale, d'un pays ou d'une agglomération, prennent rarement en compte les amphibiens. En effet, avec le caractère "local" de leur déplacement, leur cartographie ne semble pas adaptée à cette échelle. Toutefois, lorsque les amphibiens sont pris en compte dans une étude Trame verte et bleue, ceux-ci sont regroupés avec d'autres espèces qui ne possèdent pas les mêmes caractéristiques de déplacement.
Le travail réalisé par le CDPNE sur le Pays Vendômois, en partenariat avec Perche Nature, pose des bases sur la prise en compte des amphibiens dans les études Trame Verte et Bleue à l'échelle de Pays ou d'agglomération. La cartographie résultante de cette étude permet d'identifier les réseaux de mares où certaines sous-populations d'amphibiens peuvent "échanger "des individus afin de conserver une diversité génétique nécessaire au bon état de la métapopulation. Si la cartographie réalisée n'illustre que des réseaux potentiels, l'information qui s'en dégage peut avoir plusieurs finalités. Tout d'abord, elle peut servir d'appui pour les inventaires de terrain et apporter une meilleure compréhension des relations entre les mares. Ensuite, elle peut également être utilisée comme base de réflexion pour les études d'impacts liées à des projets d'aménagement concernant des mares. Enfin, elle peut servir d'outil d'aide à la décision en vu de la protection des mares et des continuités écologiques lors de la déclinaison de la TVB dans les documents d'urbanisme locaux.

CARtographie Nationale des Enjeux Territoriaux de Biodiversité remarquable (CARNET B) : présentation du programme et synthèse des études sur les amphibiens en 2011




Antoine Dionis du Séjour et Hubert Guimier

DREAL Centre

antoine.dionis-du-sejour@developpement-durable.gouv.fr

hubert.guimier@i-carre.net
Le programme « Cartographie Nationale des Enjeux Territorialisés de Biodiversité remarquable » (CarNET B), pour lequel la région Centre est pilote, vise à remplir deux objectifs. Le premier est d’améliorer la connaissance de la biodiversité remarquable sur l’ensemble du territoire métropolitain. Le second est de disposer d’une information synthétique (restituée par maille de 10 km par 10 km) pouvant être intégrée le plus en amont possible dans les études concernant d’éventuelles réalisations d’infrastructures de transport.

Dans le cadre de ce programme, la DREAL a subventionné en 2011 dix associations naturalistes de  la région pour réaliser des inventaires amphibiens sur 128 mailles réparties sur l’ensemble du territoire.

Les différents types de protocoles d’inventaire mis en place ont permis de générer 2161 données. Ces dernières concernent la quasi totalité des espèces connues dans la région Centre. Le traitement cartographique des données permet d’interpréter les premiers résultats. Il en ressort que les différences d’objectifs et de méthodes de prospection entre associations nécessitent des travaux complémentaires pour interpréter la présence et la répartition des batraciens à l’échelle régionale.

Dans ce but,  un protocole standard et répétable par les partenaires CarNET-B est en cours de finalisation afin de permettre l’exploitation des résultats au niveau régional et national.



Le programme national de suivi des populations et communauté d'amphibiens (POPAMPHIBIEN)



Claude Miaud

UMR 5175 – Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive Montpellier ; Laboratoire Biogéographie et Ecologie des Vertébrés



Claude.MIAUD@cefe.cnrs.fr
L’objectif est d’estimer et comprendre les évolutions de l'état de la batrachofaune française. Le principe général est de visiter les sites aquatiques d’une aire dont l’étendue est définie par la durée de la sortie sur le terrain. Les dates de prospection sont définies ont fonction de la phénologie de l’espèce faisant l’objet du suivi, et de la région considérée. L’effort de prospection est mesuré.
L’aire étudiée, comme les milieux aquatiques qui le composent, sont clairement référencés afin de permettre un suivi à long terme (plusieurs années).
Le choix de l’aire et sa description (unité paysagère) se font la première année du suivi. Les variables intrinsèques (description des sites aquatiques) et extrinsèques (paysage environnant) et la liste des mesures (météorologie, etc.) sont fournies, et peuvent être, pour certaines mesurées, après le démarrage de l’application du protocole.
Toutes les informations nécessaires à la mise en place des protocoles seront actualisées et disponibles à l’adresse «www.lashf.fr». Les coordinateurs et les participants sont encouragés à s’y rendre régulièrement et à y faire partager leur expérience via le forum de discussion mis en place.
Cette évaluation repose sur deux protocoles distincts :
1) POPAMPHIBIEN SPECIFIQUE : il s’agit de suivre l’évolution de l’abondance de certaines espèces dans les sites aquatiques. Ces espèces sont à choisir parmi 4 anoures et 5 urodèles. Pour chacune de ces espèces un protocole précis et standard est à suivre.
2) POPAMPHIBIEN COMMUNAUTE : il s’agit de suivre l’évolution de la présence des différentes espèces de la communauté d’amphibiens. Les techniques de détection des différentes espèces sont proposées.
Ces protocoles ambitionnent de relier des actions de gestion des milieux et les tendances des populations et peuplement d’amphibiens. Les partenaires de sa mise en application sont l’ONF, le MNHN, RNF, et la SHF.

Programme « RACE » (Risk Assesment of Chytridiomycosis to

European amphibian diversity) 2009-2012 : résultats de

l'enquête épidémiologique sur la Chytridiomycose en France en

2012


Claude Miaud

UMR 5175 – Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive Montpellier ; Laboratoire Biogéographie et Ecologie des Vertébrés



Claude.MIAUD@cefe.cnrs.fr
Le champignon Bd présente une répartition large en France, avec une prévalence qui peut être importante dans certaines populations. Cependant, nous n'avons pas d'observation de mortalité massive d'amphibiens sur notre territoire - à l'exception de celle des Alytes accoucheur dans certains lacs pyrénéens. La réponse à cette situation à priori paradoxale est donnée par l'étude de Farrer et al. (2011) sur l'identification de différentes lignées de Bd de par le monde, avec des virulences différentes. En résumé, 4 lignées sont actuellement identifiées. Au Japon, en Afrique du Sud et en Suisse, ces trois lignées bien différenciées sont prélevées sur des animaux sains et il n'y a pas d'observation de mortalité massives dans ces pays. La quatrième lignée est trouvée dans toutes les populations où ces mortalités sont observées (Amérique du Nord, Amérique centrale, Pyrénées, Australie). Des tests de virulence au laboratoire confirment l'hyper virulence de cette lignée par rapport aux autres, et la structure du génome de cette lignée montrent des épisodes de recombinaison génétique : cette lignée est récente, et provient du mélange de génomes de lignées différentes de Bd. C'est très probablement le commerce des amphibiens au cours du XXème siècle qui a permis ces mélanges. C'est cette souche hyper virulente qui est présente dans les Pyrénées, et on peut penser que c'est une (des) souche(s) peu virulente (ou pour laquelle les défenses des amphibiens ont co-évolué) qui est (sont) présente(s) dans le reste de notre territoire.
Après cette première étape de connaissance de la répartition en 2011 et de la surveillance de la mortalité des amphibiens, on peut distinguer trois pistes principales :

1- Nous recommandons de faire les prélèvements sur les Grenouilles vertes, car la prévalence de Bd est élevée chez cette espèce qui devient une sorte de sentinelle de la présence du champignon dans les écosystèmes.

2- Il est nécessaire d'identifier la(les) lignées de bd présente(s) en France.

3-Situation des lacs pyrénéens : il faut évidemment comprendre comment la lignée hyper virulente a pu atteindre les populations d'Alytes de ces lacs, vérifier l'étendue de la répartition de cette lignée, et envisager les moyen de lutte ou limitation de sa propagation.


Ces résultats sont relativement rassurants quant à l'exposition du peuplement batrachologique français face à l'émergence de la Chytridiomycose. Cependant, le commerce des amphibiens est toujours en cours (Grenouilles vertes pour la consommation, etc.), et des espèces exotiques sont acclimatées. Il faut vérifier les risques d'émergence d'une lignée recombinante en relation avec la présence de ces espèces.
L'exemple de la Chytridiomycose a révélé la quasi inexistence de mesure sanitaire de base chez les personnes fréquentant les milieux aquatiques. Nous recommandons de poursuivre et de vulgariser les consignes sanitaires simples proposées dans le cadre de cette étude (www.alerte-amphibien.fr/).

Evolution de la méthode de détection de la Grenouille taureau

De la veille classique à l’ADN environnental



Gabriel Michelin

Chargé d’études faune, Comité Départemental de la Protection de la Nature et de l'Environnement de Loir-et-Cher (CDPNE)



gabrielmichelin.cdpne@orange.fr
La Grenouille taureau est originaire d’Amérique du Nord, l’Homme l’a introduite en France et dans beaucoup d’autres pays d’Europe. Considérée comme l’une des 100 espèces les plus néfastes au monde par l’UICN (Union internationale pour la conservation de la nature), Lithobathes catesbeianus pose problème par son régime alimentaire et du fait qu’elle soit porteuse saine d’une maladie touchant les autres Amphibiens. Le Comité Départemental de la Protection de la Nature et de l'Environnement de Loir-et-Cher, le Syndicat d'Entretien du Bassin du Beuvron et L’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage ont entrepris de lutter contre une population découverte en Sologne en 2002.
Les actions effectuées en synergies ont permis de diminuer la densité de la population reproductrice tant qualitativement que quantitativement. Cette réduction des effectifs a également réduit les chances de contacter un individu sur un site aquatique. En effet, notre méthode de détection actuelle possède une sensibilité densité dépendante. La recherche doit désormais se faire de nuit, dans l’eau à l’aide d’un phare et des jumelles.
Une méthode novatrice existe pour identifier les espèces présentes dans l’eau, il s’agit de l’ADN environnemental. Un corps plongé dans l’eau, va perdre des cellules et donc déposer de l’ADN. Un protocole de terrain permet ensuite de prélever l’eau du site aquatique et d’envoyer les échantillons en laboratoire pour analyse.
En 2011, nous avons testé la méthode ADN environnemental et l’avons comparée avec notre méthode classique d’inventaire. Trente deux sites aquatiques ont été sélectionnés pour cette étude selon leur potentiel de colonisation. Nous avons ainsi pu évaluer les deux méthodes de détection et comparer les différences de coûts et de conditions de réalisation.

Liste rouge nationale des amphibiens et reptiles de France et ses applications/déclinaisons



Patrick Haffner

1Service du Patrimoine naturel MNHN 57 rue Cuvier 75231 PARIS Cedex 05



haffner@mnhn.fr
Florian Kirchner

Comité français de l’UICN 26 rue Geoffroy Saint Hilaire 75005 PARIS



florian.kirchner@uicn.fr
Depuis 2007, le comité français de l’Union international pour la Conservation de la Nature (UICN France) et le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) travaillent ensemble à l’élaboration de la Liste rouge national des espèces. La Liste rouge classe les espèces en fonction de leur risque d’extinction. Elle s’appuie sur une série de critères précis qui permettent d’attribuer à l’espèce l’une des 11 catégories de menace définies par l’UICN.
Le chapitre Amphibiens et Reptiles de métropole a été réalisé en partenariat avec la Société Herpétologique de France (SHF) et publiée en 2008. Sur les 39 espèces d’Amphibiens recensées à l’époque, 34 ont été évaluées. A l’issu de ce processus, il s’avère que, selon les critères de l’UICN, 7 d’entre-elles sont menacées : la Grenouille des champs (Rana arvalis) et la Salamandre de Lanza (Salamandra lanzai) dans la catégorie « En danger critique d’extinction (CR) », le Pélobate brun (Pelobates fuscus) et la Grenouille des Pyrénées (Rana pyrenaica) dans la catégorie « En danger (EN) », le Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata), le Pélobate cultripède (Pelobates cultripes) et la Salamandre noir (Salamandra atra) dans la catégorie « vulnérable (VU) ». Avec 21 % d’espèces menacées, la métropole se trouve sous la proportion mondiale (30 %). Il n’en demeure pas moins que ce taux est important et que la situation des Amphibiens est globalement préoccupante, ceci d’autant plus que 7 autres espèces sont classées dans la catégorie « Quasi menacée (NT) ». La dégradation des habitats, en particulier les zones humides, reste la menace principale. D’autres menaces émergent cependant telle la chytridiomycose.
Deux espèces menacées au niveau national habitent la région Centre : le Pélobate brun (EN) et le Sonneur à ventre jaune (VU). Elles doivent donc faire l’objet d’une attention particulière. Parmi les espèces classées NT au niveau national, la région Centre héberge également la Grenouille verte de Lessona (Pelophylax lessonae), qui est peu à peu remplacée par la Grenouille rieuse (Pelophylax ridibundus), espèce introduite dans la région.
Outre la connaissance du risque d’extinction des espèces et la sensibilisation du public ou des responsables politiques, la Liste rouge a bien d’autres applications. Elle permet en particulier d’identifier les priorités de conservation et constitue donc un outil d’aide à la décision remarquable dans la mise en œuvre des politiques publiques. Au niveau national, associée à d’autres critères, la liste Rouge est utilisée dans divers programmes parmi lesquels on peut citer les Plans nationaux d’action (PNA), la Trame verte et bleue (TVB), la Stratégie de création d’aires protégées (SCAP) ou encore la Cartographie nationale des Enjeux territorialisés de la Biodiversité remarquable (Carnet B). Certains de ces programmes peuvent être déclinés à l’échelle des régions, promouvant ainsi l’utilisation des Listes rouges régionales.


Liste rouge des amphibiens et reptiles en région Centre : état d'avancement du projet



Romuald Dohogne

Chargé de mission faune, Indre Nature



romuald.dohogne@indrenature.net
L’établissement de la liste rouge des reptiles et amphibiens de la région Centre s’inscrit dans une démarche globale de liste rouge de la faune, de la flore et des milieux naturels de la région Centre. Le projet est piloté par Nature Centre et des groupes de travail sont chargé de « plancher » sur les différents groupes d’espèces.
Concernant les reptiles et les amphibiens, un classement initial avait été réalisé en 2008 et validée en CSRPN. D’après ce bilan, 7 espèces (3 amphibiens et 4 reptiles) étaient alors classées en liste rouge et 7 espèces (5 amphibiens et 2 reptiles) étaient classées en liste orange. Après être retombé durant plusieurs années, la dynamique a repris en ce début d’année mais avec des changements importants dans la méthodologie. En effet les listes doivent être de nouveau examinées en utilisant une méthodologie spécifiquement adaptée au contexte régional et mise en place par l’UICN. Le groupe de travail s’est reformé et s’est même élargit pour répondre au mieux aux exigences de la nouvelle méthodologie. Le travail n’est pas terminé mais la nouvelle liste pourrait concerner 9 espèces en liste rouge (6 amphibiens et 3 reptiles) et 6 espèces (2 amphibiens et 3 reptiles) en liste orange.

Démonstration de la technique de capture à la nasse des Urodèles



Gaëlle Caublot

Groupe Mammalogique et Herpétologique du Limousin



g.caublot@gmhl.asso.fr
La capture des urodèles à la nasse - parfois difficiles à inventorier à vue - permet un moindre impact sur le milieu.
Les nasses utilisées sont des nasses à goujon ou à écrevisses, rectangulaires ou cylindriques, à mailles fines en nylon, possédant deux entrées en goulet. Chaque nasse est équipée d’une petite bouteille d’eau vide faisant office de flotteur (cf. figure). Plusieurs nasses sont déposées dans le point d’eau (le nombre varie en fonction de la taille de ce dernier) et immergées pendant environ une heure à la tombée de la nuit. Leur comportement exploratoire les poussant à s’introduire dans les nasses, aucun appât n’est nécessaire.
Cette technique limite la destruction des herbiers, mais il convient de prendre garde à ne pas laisser les nasses immergées totalement ou trop longtemps, en particulier lors d’un temps chaud. De même, certains petits tritons peuvent se coincer la tête dans les mailles et s’étrangler. Cette méthode est employée pour des inventaires (occurrence) mais également afin d’étudier les dynamiques de populations (abondance, sexe ratio…). Pour cela, 3 captures sont recommandées pendant la période de reproduction des tritons, menées à environ 3 semaines d’intervalle.
ATTENTION : Une autorisation de capture des amphibiens est obligatoire !


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